Hiện nay, người ta đang sử dụng và phát triển nhiều loại kính hiển vi quét đầu dò, có thể phân ra thành một số loại như sau:

• AFM, atomic force microscopy - kính hiển vi lực nguyên tử
• BEEM, ballistic electron emission microscopy - kính hiển vi phát xạ điện tử xung kích
• EFM, electrostatic force microscope - kính hiển vi lực tĩnh điện
• ESTM electrochemical scanning tunneling microscope - Kính hiển vi quét chui hầm điện hóa
• FMM, force modulation microscopy - Kính hiển vi biến điệu lực
• KPFM, kelvin probe force microscopy - Kính hiển vi sử dụng lực đầu dò Kelvin
• MFM, magnetic force microscopy - Kính hiển vi lực từ
• MRFM, magnetic resonance force microscopy - Kính hiển vi cộng hưởng lực từ
• NSOM, near-field scanning optical microscopy (hay SNOM, scanning near-field optical microscopy) - Kính hiển vi quang học quét trường gần
• PSTM, photon scanning tunneling microscopy - Kính hiển vi quét chui hầm quang tử
• PTMS, photothermal microspectroscopy/microscopy - Kính hiển vi phát xạ nhiệt
• SECM, scanning electrochemical microscopy - Kính hiển vi quét điện hóa
• SCM, scanning capacitance microscopy - Kính hiển vi quét điện dung
• SGM, scanning gate microscopy - Kính hiển vi quét cổng
• SICM, scanning ion-conductance microscopy - Kính hiển vi quét iôn dẫn
• SPSM spin polarized scanning tunneling microscopy - Kính hiển vi điện tử phân cực spin quét chui hầm
• SThM, scanning thermal microscopy - Kính hiển vi quét nhiệt
• STM, scanning tunneling microscopy - Kính hiển vi quét chui hầm
• SVM, scanning voltage microscopy - Kính hiển vi quét điện thế
• SHPM, scanning Hall probe microscopy - Kính hiển vi quét đầu dò Hall